Los otros dos tantos zaragocistas fueron obra de Dani y Villa de penalti. En dicha final, el favorito era el equipo gallego que entrenaba Víctor Fernández y que se adelantó en el marcador en el minuto 5 por mediación de Mostovói, pero Aguado y Jamelli de penalti le dieron la vuelta al marcador en la primera parte. En cuartos de final, su rival fue el Barça de Ronaldinho. Curiosamente fue el mismo rival con el que se tuvo que enfrentar el 30 de junio de 2001 en la final de la Copa del Rey que tuvo como escenario el estadio de La Cartuja de Sevilla. El 12 de abril de 2006, el equipo blanquillo disputó su undécima final de Copa del Rey teniendo como rival al RCD Español en el Santiago Bernabéu. Todo ello con la leyenda «A por la undécima. El Real Zaragoza terminó la Liga en última posición y con ello puso fin a 24 años de ininterrumpida estancia en Primera División.
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En el partido de ida, disputado el 26 de enero en el feudo blanquillo, el Zaragoza derrotó al conjunto catalán por 4-2, rompiéndole la racha de 18 victorias consecutivas. Fenerbahçe de Anelka en los dieciseisavos de final de la UEFA, los negativos habían sido el pésimo papel que realizó el portero Luis García, la brutal lesión que le provocó Luis Figo a César Jiménez que dos temporadas después le llevaría a abandornar los terrenos de juego, la eliminación en octavos de final de la Copa de la UEFA contra el Austria de Viena y la despedida de un nuevo mito del conjunto maño: César Láinez. El 24 de agosto de ese mismo año, conquistaba en Valencia y nuevamente contra todo pronóstico y con un resultado adverso (perdió 0-1 en La Romareda) la Supercopa de España tras vencer al equipo che por 1-3. Se trataba de su primera Supercopa y de su noveno título en su palmarés. En la primera temporada del Siglo XXI, la 2000-2001, el equipo aragonés se salvó del descenso en la última jornada tras empatar a uno contra el Celta de Vigo. El único aspecto positivo de la última jornada, en el encuentro ante el FC Barcelona al que se empató, fue el debut de Cani que en su primera acción del encuentro le hizo un caño al lateral neerlandés Reiziger.
El día 7, fue destituido Víctor Fernández y el día 29 fallecía Alfonso Solans Serrano, siendo hasta la fecha el único presidente que murió ocupando el cargo. Víctor Espárrago, fue destituido en enero, ya que esas fechas el Zaragoza se encontraba hundido en los puestos de descenso y su cargo lo volvió a ocupar Luis Costa. La expedición del Real Zaragoza se encontró al llegar al aeropuerto con una multitud que le siguió incansable a lo largo del recorrido por las calles: desde La Romareda hasta el balcón del Ayuntamiento de la ciudad, la muchedumbre vitoreó y cantó junto a los jugadores. Desde carne de unicornio hasta un kit para sobrevivir un ataque de zombies. Consigue hasta el 25% de descuento Sprinter en ropa deportiva ¡ El secreto reside en que está compuesta por dos capas de tejido ligadas con una nueva técnica, de tal forma que entre las dos se crea una cámara de aire que evapora y hace desaparecer completamente el sudor, manteniendo la ropa seca en todo momento, según informa la UPC. La marca de ropa Primark volverá a vender camisetas con la bandera de España en Cataluña después de que una clienta se quejara por la decisión de la marca de no ofrecerlas «dada la situación actual», ha podido saber ABC.
Claro, no solo vendemos las replicas de camisetas de tu equipo favorito del club, también tenemos en existencia el kit completo: camisetas, calentadores, sombreros, sudaderas con capucha, equipo de entrenamiento ¡ Y todo pasa por China y el resto de países de la región, por donde el equipo hizo escala este verano para disputar dos partidos, uno en Ghuangzou, sede de su academia de futbol china, y otro en Shangai, la megaurbe del gigante asiático. Este equipo logró hacerse con el campeonato de Liga en la temporada 1942-43, además de ganar la Copa del Generalísimo durante tres años consecutivos; en 1943, 1944 y 1945 respectivamente. En la final cayó derrotado por 1-4 frente al F. C. Barcelona, que más tarde logró el triplete al ganar la Liga, la Copa y la Liga de Campeones. Con un nuevo título que viajaba a la ciudad del Ebro y tras convertirse en el primer líder de la Liga tras la disputa de la primera jornada, parecía indicar que el conjunto avispa quería apuntar a objetivos más ambiciosos para la nueva temporada que había comenzado; la 2004/05 pero acabó siendo una temporada de claroscuros. Se trataba de la quinta Copa de España que ganaba el conjunto aragonés y la segunda que sumaba a su palmarés el entrenador Luis Costa.
Costa dimitió y le sustituyó Marcos Alonso. En semifinales, el 8 de febrero de 2006, el Zaragoza vence por 6-1 al Real Madrid, en una noche donde Diego Milito marcó 4 tantos y Ewerthon los otros dos restantes. El día 17 de marzo de 2004, el Zaragoza logró proclamarse campeón de la Copa del Rey en el estadio Olímpico de Montjuic por sexta vez en su historia tras derrotar al Real Madrid de los Galácticos por 2-3, gracias a un gol de Luciano Galletti en el minuto 112 de la segunda parte de la prórroga. Champions League. La UEFA exigió que una de las plazas fuera otorgada al Real Madrid por ser el vigente campeón de Europa (1999/2000) y que había finalizado quinto. Los socios se resignan a recibir cartas que los informan de que, por orden de la UEFA, los deslocalizarán durante los partidos de Champions League en aplicación de una normativa que expropia su condición de propietarios del club.