La nueva plantilla realista estuvo compuesta a partes casi iguales por novatos procedentes del Sanse (entre ellos varios jugadores que se convertirían en históricos del club como Arzac, Urreisti, Mendiluce u Ormaetxea) y veteranos de la primera plantilla. Otros integrantes destacados de aquella plantilla eran Alberto Ormaetxea, Gaztelu, el entonces todavía portero suplente José Esnaola o Rafa Mendiluce por ejemplo. Su reinicio en la competencia será el 4 de marzo, en la visita al Alhama CF en la jornada 20 de la Liga F. Así las cosas, Linda tendría una semana de entrenamiento con sus nuevas compañeras y bajo las órdenes de Alberto Toril para preparar su debut con la Casa Blanca. La única persona que accedió a presentarse para coger las riendas fue el exalcalde donostiarra Antxon Vega de Seoane, hijo de un anterior presidente. Orbegozo, que habría entrado como tesorero en la directiva de Vega de Seoane, sustituyó a este como presidente después de que abandonara el cargo tras el ascenso.

Gil Manzano ha decidido que se tienen que jugar cinco minutos más en la segunda parte del derbi madrileño de la Liga Santander. La trayectoria del equipo fue mala desde el primer momento y se trató de buscar de nuevo la solución interina de Joseba Elizondo, quien sustituyó a Baltasar Albéniz, pero esta vez no obró el milagro. Como entrenador, siguió Andoni Elizondo, el técnico del ascenso y como segundo, otro exjugador realista Angel Segurola. Sin embargo la temporada 1961-62 fue un desastre para la afición realista. Al frente de la nave realista estuvo durante toda esta época José Luis Orbegozo, el presidente más longevo y exitoso de la historia del club. Durante 5 temporadas Artigas dirigirá al equipo (1955-1960). Durante esas temporadas la Real deambulará sin pena ni gloria por la parte media-baja de la tabla. Tras la brillante temporada 1950-51, los siguientes años pasaron sin pena ni gloria, el equipo fue 10.ª en la temporada 1951-52, puesto que se repitió en la 1952-53 y 9ª en la 1953-54. Tras esos tres años discretos, la temporada 1954-55 la Real se quedó en 14º lugar y se vio obligada a jugar la promoción para mantener la categoría.

En la temporada 1954-55 el equipo juvenil de la Real se proclamó Campeón de España derrotando en la final al Sevilla. Era buena la contra de la Real encabezada por Sorloth, pero se equivocó en el pase final en busca de Isak. Sin embargo al final quedó relegada a la cuarta posición y se vio obligada a permanecer un año más en segunda división. La segunda temporada de Galarraga fue en cambio mala, la Real acabó en la temporada 1965-66 en 10.ª posición de su grupo de Segunda, en tierra de nadie a 8 puntos de la promoción de ascenso y 8 puntos de la promoción de descenso. Además al bajar la Real a segunda, arrastró en su descenso al Sanse, que paradójicamente había realizado una brillante campaña en Segunda. El empate era suficiente para asegurar el ascenso, pero las cosas se torcieron para la Real que comenzó perdiendo con un gol de Argacha en el minuto 40. El mismo jugador marcó en el minuto 50 el 2-0 en el marcador pero los realistas no se desmoronaron y dos goles, el primero de Boronat en el minuto 58 y el segundo del debutante Arambarri en el minuto 81, dejaron el marcador en tablas y a la Real en Primera división.

La factura de la Copa del Rey en un calendario insostenible marca, tras un enero demoledor para unas plantillas que encaran su cuarto partido en quince días, uno de los duelos más atractivos de LaLiga Santander, dos propuestas ofensivas de Real Madrid y Real Sociedad en un pulso en el Santiago Bernabéu marcado por las bajas, que depara si la pelea por el título es cosa de dos o tres equipos. Es en estos años cuando la Real Sociedad toma una decisión de carácter estratégico como es la decidida apuesta por fomentar su propia cantera, frente a la política de fichajes foráneos que prolifera durante esos años, con los numerosos oriundos y nacionalizados procedentes de Sudamérica que llegan al fútbol español. Desde el punto de vista deportivo, la Real pareció tomar pronto el pulso a la segunda división y en la temporada 1962-63 marchó durante buena parte del Campeonato en posiciones de ascenso.