Veleño logra el ascenso por primera vez en su historia a categoría nacional tras proclamarse campeón de 1ª Regional Ordinaria superando por un punto al Marbella. En 1940 el club es federado por segunda vez en la Federación Regional Sur, durante los años 40 y 50 pasa por diferentes categorías tanto provinciales como regionales, principalmente 1ª y 2ª regional, debutando en esta segunda categoría según aparece reflejado en el anuario oficial de la RFEF del año 1942, obteniendo su primer título como campeón provincial en la temporada 1945-46 con la recordada alineación formada por los Cuesta, Mateo, Zapata, Fernández, Villanueva, Reyes, Pérez, Perico, Hilario, Natalio y Ortega, equipacion real madrid un once que los aficionados veleños se equipacion atletico de madrid sabían de memoria.
